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大蛇丸的一生足以写成一本比板砖还要更厚的传记。他的经历可以看成这样一些阶段。
童年时期阶段。
大蛇丸自幼父母双亡，六岁毕业于忍者学校后，与自来也、纲手一同成为猿飞日斩班的成员。
他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。
因此在年幼时，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态（如同旗木卡卡西所说的，就像漩涡鸣人和宇智波佐助的关系一样）。
因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本身善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，感觉到人生的短暂，而大蛇丸本身热爱研究术，所以便开始研究不老不死之术以及复活亡者的术。
木叶三忍阶段。
在第二次忍界大战中，大蛇丸和自来也、纲手曾联手跟雨隐村头目“山椒鱼半藏”对战。其他木叶忍者皆死伤枕籍，唯只有他们三人能支持到最后，半藏因而赐了他们“木叶三忍”的称号。
而在当年的雨隐村任务中，他们三人亦偶遇上三名雨隐村的遗孤，小南、弥彦和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因着自来也的维护的存活下来，更得到自来也传授忍术。
大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。
但后来由于潜心研究禁术，并掳走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部注意上他的古怪行径，最终他叛离木叶，成为叛忍。（当时仍处于全盛时期的三代本欲杀他，但最后于心不忍）
他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他背离木叶的决定。自来也往后仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追踪著大蛇丸的行踪。
叛逃木叶阶段。
在刚获得风魔一族的肯定后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。
加入晓之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近成功了。
在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体作转生容器，但被鼬的幻术击退。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。
后来他结集势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲、鬼灯水月、重吾、香燐、药师兜、音忍五人众，即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
木叶崩溃行动阶段。
五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃行动”。
他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。
在战斗前，大蛇丸以秽土转生禁术，将初代火影和二代目火影复活，跟自己合击第三代火影。战中，他在往日的师父面前露出自己的真面目，面具下一个不为人知的年轻貌美女人的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此女的身体作自己之用长达多年。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。
二人交战时初时不分上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈力衰，功夫大不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雉剑重伤第三代火影，最终未能完全封印大蛇丸，只封印了他的双手，使之无法结印。
他的双手被封印后，失去了使用忍术的力量（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。
砂忍其后才知道真正的风影已被大蛇丸所杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃行动”，最终以失败告终。
三忍大战阶段。
大蛇丸为了医治双手，他和手下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。
七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。
起先大蛇丸利用纲手怕血这一弱点占据上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。
鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。
此时大蛇丸和自来也激战正酣，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，不想剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。
这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝诱佐助投靠音隐村。
佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。），临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。
尽管之后牺牲了音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。
疾风传前期阶段。
三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。鸣人一众按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。
大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物间的战斗’)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。
但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。
途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。
不久，鸣人、小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。
佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。
不尸转生的三年期限届满后，连兜的药也已无助，大蛇丸认为是时候以佐助的躯体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。
大蛇丸也不甘示弱，现出白鳞大蛇真身，并即席进行灵界转生。然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助反吞噬及夺去一切力量，留下一副大蛇躯壳。
结果因自身极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助反侵，灵魂与力量被完全压制，虽生犹死。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，未料被自己苦心寻找的十拳剑封印在鼬的幻术之中，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
真正算来，大蛇丸在这个时候就算是已经真正死去。这也就是大蛇丸的一生所经历过的一切。
在与佐助争夺身体失败之后，大蛇丸潜藏在佐助的体内，寻找着翻盘的机会。
但是，佐助的哥哥，宇智波鼬却看穿了大蛇丸的把戏。
在鼬与佐助大战之时，鼬使出手段，将大蛇丸从佐助的身体里边逼了出来，然后用十拳剑将大蛇丸放逐、封印在幻术世界当中，永远无法超脱出来。
大蛇丸迷失了。
而后来出现的大蛇丸，其实是因为药师兜在大蛇丸被封印之前就已经移植了大蛇丸的基因，所以大蛇丸才能够再次出现。
也就是说，第四次忍界大战出现的大蛇丸并不能够算作真正的大蛇丸，只能够是大蛇丸的复制体一般。
真正的大蛇丸还被宇智波鼬封印在幻术世界当中。
在被封印在幻术空间之后，大蛇丸可以说已经不存在与忍界当中。他的一切，都被那把十拳剑抹去了。
在幻术空间当中，大蛇丸不能移动、不能离开那个不断变幻的世界，他能够做的也只有思考而已。
长久的近乎于永恒的时间当中，大蛇丸也想清楚了许多，他也看开了很多事情。
不在执着于写轮眼，因为那个对于现在已经没有了用处。不在执着于永生，因为他现在几乎就算是永生状态。
以前执着的很多事情，现在都已经没有了意义。
毕竟，他根本无法离开这个世界。
这算是永无止境的监禁吧！大蛇丸这样想到。
不过，就算是已经想开、看开了，他也是渴望出去的。他不想将自己的生命耗在这个无趣的‘囚笼’。
但是，神器的力量可不是灵魂已经虚弱到极致的大蛇丸所能够撼动的。
他的想法也就成了一个奢望。
如果没有意外情况的话，大蛇丸将永远待在这里，直到幻术空间腐朽，或者火影世界毁灭。到了那个时候，如果大蛇丸还没有死去的话，那么他就能够逃出来，去做自己想要做的事情。
但是，大蛇丸仅仅只是一个强大的忍者而已。受伤了会流血，年纪大了会体力衰弱，如果不是大蛇丸开发出了不尸转生的话，他可能也要面对与猿飞日斩一样的事情。
利用不尸转生完成了自己不会衰老，‘永生’的野望，但同时也有新的麻烦出现。那就是灵魂层面的永久性损耗，这一点是大蛇丸无法避免的。
正是因为这一点，他才无法在某一个‘容器’当中待过多的时间，需要不断的更换身体。
现在说这些也没有意义，因为这些东西对于大蛇丸来说，都没有价值，没有意义。
不过，就在这个时候，转机出现了。
一股神秘的力量击穿了幻术世界的屏障，将处于幻术世界的大蛇丸包裹住，然后那股力量连同大蛇丸一起离开了十拳剑制造出来的封印世界当中。
当时的情况是这样的。
“想要离开这里，去探索真理，去获取世界的一切吗？”
大蛇丸还没有反应过来，他没有搞清楚自己现在遭遇的状况。
“默认无限使者编号1008611进入无限空间。”