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皇甫初和钟繇也都是老泪纵横，当初元协做出这个决定的时候，他们就在元协的身边，但却无力阻止元协，这是对元协的尊敬，也是钦佩，更是对元协的信任，他们相信，元协已经成长为一个真正的男人了，他所作的事情，一定有着他的道理。
擦掉眼泪，皇甫初和钟繇再次跪倒在元起的脚边，大声说道：“国不可一日无君，恭请燕王继天子位！”
面对数十位大臣们的恳求，元起抹去脸上的泪痕，向存放元协遗体的方向看了一眼，缓缓说道：“诸位，现在圣上尸骨未寒，此事，容后再议吧，本王理应为圣上守灵七七四十九日，在此期间，朝中一应大事均由各位大人裁定。一切事情，等四十九日之后再说吧。”
说着，元起缓步走下了城墙，向着元协遗体的方向走去，元起来到元协的灵柩前，定定的站立不动，彻夜未眠。没有人知道他究竟在想些什么，但是所有人都能在他的身上，感受到那股无尽的悲伤……
第二日，天色大亮，元起留下三万人给宋琼宋习兄弟，让他们守好斜谷关，然后带着大部队，扶着元协的灵柩返回京城。
在抵达京城之后，留守在朝中的大臣们早已搭建好了灵堂，并用白色的绢布，一直从皇宫内的灵堂中，铺到了城外十里，来迎接元协的灵柩。
元起亲自扶灵，走在最前面；齐天、赵虎、张武和左慈四位大将，则是充当起了扶灵手，分别抬着元协灵柩的四个角，亦步亦趋的跟在元起身后；在后面，众人分成了两列。燕国众人站在左侧，而随同元协一起出征的朝中文武则是站在右侧。
当元起扶着元协的灵柩走过。站立在两旁出城来迎接的朝中文武百官们，立刻跪倒在地，既是向元协致以最后的敬意，也是向元起这位即将登上天子位的新君，顶礼膜拜。
元起一边向前走，一边将两旁文武大臣的神色尽收眼底，他要对这些朝中大员有个直观的了解。
十里白绢，终于铺到了尽头，在前面。就是大臣们为元协搭建的灵堂了。元起让齐天四人将元协的灵柩安顿好，摆放在灵堂中央的位置上，然后拿起放置在一旁的一块孝带，束在自己的头上……
接下来的七七四十九天之内，元起始终都呆在灵堂里，寸步未曾离开。四十九天过后，元起摘下孝带，走出了元协的灵堂。灵堂之外，皇甫初和钟繇等文武百官们早已排成两列，等待着元起了。这段时间以来，连续有二十多位大员莫名其妙的被天归军带走，多多少少还是让他们感到有些震惊，要知道，可不是每一个吸血鬼都是一副狰狞的面孔，相反，不少的人一边吸食者老百姓的血汗，另一边却装出一副悲天悯人的样子，因此，在被天归军带走的那些官员中，平日里有不少都是以善人的形象示人的，他们被抓走，还是引起了满朝文武的关注的。
环视了众位文武一眼，元起缓缓开口说道：“诸位，本王希望大家同心协力，协助本王将国家治理的蒸蒸日上，以飨先帝的遗愿。”
开场白之后，元起单刀直入的继续说道：“讲一下，有两点请大家牢记。第一，本王虽然得先帝青睐，将天子位传与本王，今后，本王可暂代摄政王之位，待国事稳定后，再与众位臣工议立新君之事。”
“第二。大家今天来的目的，本王也很清楚。你们一定是在奇怪为何本王要抓拿二十一位朝廷大员，本王告诉你们，此举并非本王要拿他们来立威，而是他们罪有应得！”说着，元起从怀中掏出一沓证词，交给了钟繇，继而朗声说道：“这些人，都是吸食我元氏子民血汗的蛀虫！寄生虫！他们都已经认罪伏法，这就是他们的证词！本王不希望日后在你们当中，看到有人像他们一样的所作所为，大家都明白了吗？”
直到此刻，百官们这才明白过来。原来元起让天归军抓起来的二十一位大臣，都是隐藏在暗处的贪官污吏！在皇甫初和钟繇的带领下，百官们朝着元起跪倒在地，齐声说道：“摄政王英明！摄政王千岁千岁千千岁！”
可以说，元起的这把火，烧的恰到好处。本来元起就是威名远播，这些朝中大臣更有不少人，都亲眼见过元起在战场上的威风，内心中对元起本就有些敬畏，现在元起又用雷霆手段。一举打掉了二十一名贪官污吏，更使得他们见识到了元起雷厉风行的一面。
元起在接下来的一段时间中，对整个国家机构做出了一些重大的调整。
首先，就是迁都。京城历经战乱，民力凋零，早已不在适合做国都了，而且，京城处于河南地区中央，离宇宫照烈的大本营许昌太近，稍有不慎就可能被宇宫照烈来个大包围，因此，元起决定迁都燕京。在开辟出光、明、通三州之后，北疆的疆土大幅扩展，燕京位于南北中心交界的位置上，就像是一颗心脏位于人体上身一样，将都城迁到燕京，这是众望所归的。
其次，整军。元协在位时，供养了十万大军，经过在汉中和泰山的拼杀，现在只剩下了七万多人，这还得算上镇守在关中和三辅两个地区的正规部队。为此，元起将三万燕军铁骑留了下来，交给皇甫初，让他留守在京城，镇守中原。同时，元起还授予皇甫初征兵两万的职权，用以加强对关中和三辅地区的防御。
第三，治政。在这一点的改革上，元起又详细的分列了几个小项，他先是对满朝文武进行了检验，凡是不达标准的，或者是品性太差的，一律淘汰出管理者的队伍，未来的壮汉，不需要这些能力不足或是思想不端正的人，坐在高位上拿着厚禄，而是需要务实的、能真心为老百姓着想的人，来做管理阶层。同时，元起还对关中地区和三辅地区进行了整合，废除就有的地区称号，不再称之为司隶校尉部，而是改称为司州，司州下辖六郡，涵盖了关中和三辅地区的所有郡县，皇甫初就是第一任司州牧。其他经过考核的文武官员，元起留下以朱皓为首的十八人，让他们辅助皇甫初治理司州，其余的则都是跟随元起回到燕京，准备接手新的职务。
以上几点，只是元起暂时能想到的，等回到燕京之后，他还要和麾下的众人进行细细的磋商，对每一位朝廷的旧有官员进行任命，当然，这些旧有官员现在也是元起的麾下了，在磋商的过程中，他们是有着自荐权和发言权的，大家都有一个共同的目的，那就是让帝国变得越来越好。
新的政权，以燕国为模板，把燕国的机构整个移植了过来，组成新的领导班子，原有的燕国文武官员，都按照原职，开始接手整个帝国的权责；而以钟繇为首的朝廷旧有官员，共有八十一人通过了元起的亲自考核，这些人将按照个人的专长，重新分配职位，补充到管理层中，唯一不变的，就是他们的官阶并没有被元起降低，相反，像钟繇这样既有才能，又忠心的老臣，还得到了升迁，进入政务府，取代董和成为了首席执政官。
为了鼓励大臣们专心治政，同时也为了确立有功必赏，有过必罚的奖惩制度，元起让陈群拟定了一个新的官阶划分制度，废除掉原有的三公九卿制，开始施行九品中正制。陈群本来就在历史上，首创了九品制，再加上元起对他的启发，他很快就创出了一套完整的、严谨的官阶制度，比历史上的九品中正制更加完善，元起看过陈群的草案之后十分满意，立刻就把这套制度确定并推行了开来。
元起清楚，自己这代人，无论再怎么强，也只能保证政权在数十年之内安然无虞的矗立在这个世界的顶峰，但要想让他世代传承下去，对后继者们的培养，是必不可少的。只有让后继者们从小树立正确的人生观、价值观，才会充满活力，不至于在短期内便走向腐朽。
这样的命令，在此之前元起便已经发布过一次了，以姜维、郭淮和杜预等人为首青年俊才都已经接受过燕京大学的高等教育了，其中郭淮已经学业有成，并且接替齐天出任了并州牧，这就给后继者们树立了一道标杆，只要在燕京大学中成绩优秀，就有可能直接进入管理架构，并且还有这一定的几率做封疆大吏。而姜维虽然还没有毕业，他也时常参与军事部署，并且跟随着赵虎参加过平定高丽国的战役了，有了这两个人的例子，对新一批征召进燕京大学的后继者们，起着不小的鞭策作用。
这次的学员，主要是以朝廷旧有官员的子嗣为主，他们的人数占据了全部学员的六成还要多，另外的不到四成的学员，是元起根据民间的好评，从各地选拔来的寒门子弟，元起这样做，就是要告诉天下所有的人，只要你有才，就可以做官，官员选拔，是只看品行和才能，不看出身和门第的。
新一批的学员一共有一百零八人，其中，元起最看好，也最重视的有三人，一个是老臣钟繇的幼子钟会，另一个是鹰扬将军文钦的次子文鸯，最后一个，则是出身贫寒的邓艾，元起现在让他们进入燕京大学，是要进一步加强他们的文化素养，祛除掉他们性格上的弊端，同时也想让他们在共同学习的过程中，结交下深厚的友谊，他们再加上姜维和杜预，将会组成未来国家的脊梁，支撑着国家可以长久的生存下去。
这三人中，以邓艾的年纪最大，但也不过是二十多岁，钟会和文鸯更是只有十五六岁的年纪，为了更好地塑造这三个人，元起让诸葛亮担任钟会的老师，让赵虎收文鸯为徒，让张冲收邓艾做了弟子，本来庞统也是见猎心喜，想要从三人中讨要一名弟子的，可是先前他已经收了杜预为弟子了，元起本着一师一弟子的原则，便没有让庞统再收弟子。平时的时候，这几个小子就有各自的师父教导，一旦开启战端，他们的师父忙碌起来，水镜先生司马徽就会暂时充当起他们老师的角色，教授他们各种学问。