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大蛇丸的邀请索斯同意了，对方是最有希望成为四代火影的人，而且也是目前木叶最有名望的人之一，又握有自己偷了封印之书的把柄，那么和他合作有何不可呢？索斯并没有什么大蛇丸知道了这些秘密，自己就一定要除掉大蛇丸这样的想法，他又不可能杀光所有的人，况且那么做又有什么意义呢？
如果索斯想要那么做的话，他一开始就不必在木叶呆着他应该到大山里去，去一个没有人的地方，在那儿不会有任何人刺探他的秘密，也不会来拉着他一起研究禁术什么的，但那样的生活，难道不是一种煎熬吗？如果只是那样的话，索斯又何必想要来到这个世界，在原先的世界呆着不好吗？纳萨力克大坟墓的生活也不比木叶村差，更何况他还是大坟墓的主人，在这里，他可不是火影。
所以索斯怎么也不可能杀了大蛇丸，而且大蛇丸也不是什么任人宰割的家伙，就当是给自己生活找个目标吧，索斯是这样想着的，不管怎么样，两个人已经算是合作伙伴了，这样对索斯也好，对大蛇丸也好，互相都有好处，对索斯来说，等大蛇丸当上了火影之后，他偷窃封印之书的事情也许就不会再被提及了，他可以继续在木叶村过他的安稳日子，只不过以后大蛇丸对他的态度会不会变化也不好说，但至少现在没什么问题，索斯也不是个愿意对未来想那么多的人，未来将会如何不是一两句话就能说清楚的。
索斯记得那晚自己回家很晚，虽然和大蛇丸都不喝酒，但却好像喝醉了一样，回到自己的住处都还是晕乎乎的，前一天他还只是个推着手推车，每天在忍者学校外边卖东西的小贩，而现在自己就成了和三忍之一的大蛇丸一起研究忍术的合作伙伴了，这天翻地覆的变化虽然未必能让索斯觉得心惊，但也足以将他从无聊的生活中唤醒了，他需要的就是这种活力，曾经以为在战争结束以后，自己就会失去了目标，但没想到恰恰是大蛇丸，又给了他一个目标，刚好他对这些禁术都很感兴趣，于是事情又变得不一样了，索斯重新变得忙碌起来，他把封印之书交给了大蛇丸，倒也不必提什么条件，如果还有这种猜疑的话，那自己也没必要和大蛇丸合作了，况且大蛇丸也不是那种会出尔反尔的人，怎么说呢，这个人或许野心很大，但也正因为野心很大，他的气量，也绝不是寻常小人所能想象的，即使看起来是完全相反的性格，但索斯不知道为什么，竟然从他身上看到了些许自来也的影子，让索斯感觉到熟悉极了，两个人在气量上，或许真的有着特别的相似之处吧。
大蛇丸没有让索斯久等，就在一个月之后的某个下午，索斯准备出去摆摊的时候，在街角碰见了堂堂的三忍之一，他带自己去看了他的试验所，那是一个建在地下的实验基地，似乎还很简陋，仪器很少，看样子建成没有多久，大蛇丸说他们可以在这里开发新的忍术，或许以后会成为木叶最先进的研究所也说不定，索斯看着大蛇丸兴奋地样子就知道他现在肯定高兴极了，虽然不知道为什么他就这么信任自己作为禁术开发的合作伙伴，但既来之则安之，现在封印之书在大蛇丸手里，他一定也看了上面的禁术，而且那说不定就是两人接下来的研究方向，所谓风雨同舟，现在有了相同经历的两个人，或许这就是他们能成为合作伙伴的原因所在吧，于是索斯每天又多了一个去处，他晚上仍然是雷打不动的去校门外摆摊，毕竟不管什么人总是要吃饭的，大蛇丸虽然找他一起研究，但是却不会给他发工资，自己的吃饭前还是要靠自己赚，索斯当然要依然操办着旧业来维持生活了。
实验的开端并不顺利，两个人在一开始就产生了一些分歧，大蛇丸似乎对于血继限界很感兴趣，而索斯则觉得一开始就研究这样的项目似乎有点儿太具有挑战性了，而且说到血继限界，那可是各个家族的不传之秘，如果真要研究这个，光明正大的手段是不行的，说不定就要用到一些属于忍者的真正阴暗手段，索斯不反对研究禁术，但是若真的绑架别人过来研究什么的，让索斯还是觉得有点儿无法接受，他倒不是心里头有负担，只是他还想好好地呆在木叶村呢，可不想到最后被人发现，逼得无家可归，成了叛忍，那样颠沛流离的生活他才不想过呢。
索斯是个很重视生活舒适的人，一个稳定安逸的居所对他来说是非常重要的，即使钱不多，只是靠着摆摊卖麻辣烫维持生活，索斯也能在木叶呆这么久就能够看出来了，和大蛇丸不同，索斯当过太长时间的皇帝、国王、首领、他太熟悉这样的角色了，就好像一个人天天都是米饭，早晚有一天会吃腻一样，索斯现在就是对这种领袖的角色感到腻歪了，他没有那么大的野心，他也不想有，他不想去支配任何人，就是想要安安静静地体验一下生活，自从拜托了神明的力量，真的成为一个普通的人，在木叶村生活下来以后，他发现似乎喜欢上了这样的生活，有时候，作为一个相对弱小的存在，反而能给他很多曾经都不曾有过的感悟和启发。
但显然两人不会就这样僵持下来，最后还是在进行了有条件的交换意见后，达成了统一的意见，暂时不会以木叶的几大家族的血继限界为目标，研究的禁术包括二代火影曾经开发过得秽土转生以及两人脑海里逐渐有了些雏形的新咒术。
对于这个结果，无论是大蛇丸还是索斯，都是非常满意了，于是研究所就这样默默地成立了，说是研究所，其实说成是工作室更贴切一点，除了索斯和大蛇丸之外就没有别人了，由于研究的是禁术的原因，索斯自然不会和自来也说，所以他也蒙在鼓里，至于其余的暗部和根的监视，暂且都在大蛇丸的干涉下，保护的很好，两个人的研究有条不紊地进行着。