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由于朱温连年攻打时溥，导致徐州、泗州、濠州的百姓都难以耕种，军疲民困，时溥无奈只好与朱温讲和。
朱温要求朝廷调走时溥，另派人来接管徐州。朝廷就诏令门下侍郎刘崇望担任徐州感化军节度使，任命时溥为太子太师。
但时溥但心离开徐州后，朱温会设计陷害自己，以军中将士挽留为理由，没有离开徐州。刘崇望走到华阴县时，得知时溥没有离开徐州，他就又返回长安。
892年十月，朝廷又任命时溥为侍中、感化军节度使，默认其继续占据徐州。朱温上奏请求朝廷收回对时溥的新任命，但唐昭宗诏令规劝朱温与时溥和解，不要再打了。
到了十一月，时溥管辖的濠州刺史张璲、泗州刺史张谏都献城投降朱温。
朱温的儿子朱友裕此前带领十万人攻打朱瑄管辖的濮州（鄄城县一带），抓获了濮州刺史邵伦。随后，朱温又命令朱友裕带军队攻打时溥。
时溥不甘心失败，893年正月，他还派兵攻占了宿州，宿州刺史郭言战死。
时溥再次向兖州的朱瑾请求救援，而朱温已提前派遣大将霍存带领三千骑兵驻扎在曹州，以防备朱瑾。
当朱瑾率领二万人前往救援徐州时，遭遇霍存、朱友裕的迎击，双方在彭城附近的石佛山下交战，徐州和兖州的军队被打败，朱瑾逃回兖州，朱友裕没有奋力追赶。
但不久，徐州的军队再次反击霍存的营寨，霍存因为自满轻敌，防守不严，招致失败，霍存在战场上被杀死。
当朱温的长子朱友裕围困徐州时，时溥几次派出军队挑战，朱友裕都不应战。又加上朱瑾在石佛山下战败逃跑时，朱友裕也不追击，都虞候朱友恭（朱温的养子，本名李彦威）就写信给朱温，诬陷朱友裕不忠心。
朱温得知后大怒，当即派人传信给都指挥使庞师古，命令他代替朱友裕统领军队，并且要审讯朱友裕。但这封信误传到朱友裕的手里，朱友裕非常恐惧，当即带着二千骑兵逃进深山，又秘密到达砀山其伯父朱全昱那里隐藏。
朱温的夫人张氏听说这件事，觉得不能让朱友裕这样违反军令，就派人劝说朱友裕到朱温这里请罪。朱友裕来拜见朱温时，朱温要把他拉出去杀死。
当时，张夫人正在洗脚，吓得赶忙出来苦苦相劝，朱温这才免除对朱友裕的死罪，命他暂且主持许州事务。
庞师古奉命取代朱友裕指挥军队，继续攻打徐州，攻破徐州军在石佛山的营寨，时溥的徐州军队不敢再出来交战。
由于汴军几个月也没有攻下徐州，军队有所懈怠。通事官张涛写信给朱温说云：“徐州久攻不下，是进军的时机不好，因此出兵无功。”朱温也认为是这样。
但幕僚敬翔说：“今攻城几个月，所花费甚多，徐州人也已疲困了。攻下徐州只是时间问题，如果将士们听说这话，攻取之心都会松懈的。”朱温就把通事官张涛的书信烧掉，亲自率军到达徐州督战。
朱温到来的几天后，上下同心，庞师古终于攻克彭城。893年四月二十日，时溥全家登上燕子楼自焚而死。
朱温委任宋州刺史张廷范代管徐州事务，张廷范后来被朝廷任命为徐州武宁军节度使。
解决了秦宗权、时溥，朱温又加紧对付朱瑄、朱瑾。
893年七月，攻占徐州的汴州军队由庞师古率领，转兵去攻打兖州的朱瑾，朱瑾的军队多次被打败。
十二月，先锋葛从周率军进攻齐州（济南历城），齐州刺史朱威向朱瑄、朱瑾求援，朱瑄派军队前来救援，齐州的城防加固。
到了894年二月，朱温亲自率领大军攻打郓州的朱瑄，在东阿县的鱼山安营扎寨。
朱瑄、朱瑾想速战速决，他们联合进攻朱温的营地，提前摆好阵型后，朱温的军队才出营寨。
因两军都在杂草中间，这时猛然刮起西北风，风向对朱温的军队有利，朱温下令顺风放火，顷刻间烟雾火焰连天。
朱温乘势发动攻击，郓、兖联军大败，被杀死一万多人。朱温在鱼山下用敌军的尸体筑起高大的坟墓来炫耀战功，朱温驻军几天后返回。
五月，朱瑄、朱瑾因屡次战败，就向河东求救，李克用派遣安福顺、安福庆、安福迁三兄弟率五百精锐骑兵，从魏博军借道渡过黄河前来援助。
到了895年正月，朱温又派遣养子朱友恭围攻兖州，挖壕沟围住兖州城。朱瑄率步骑兵从郓州前来增援，但却在郓城的高鱼被朱友恭设下的伏兵击败，粮饷被全部抢走。此前李克用派来增援的将官安福顺、安福庆也被朱友恭的军队擒获，朱瑄只好退回。
为了接应朱友恭，朱温率军队驻扎在单父县（单县）。李克用又派遣史俨、李承嗣率一万余骑兵南下增援郓州的朱瑄，朱友恭担心不能取胜，就率兵退回到汴州。
895年八月，朱温又率领军队攻打郓州的朱瑄，他先在寿张县的梁山埋下伏兵，派前锋挑战朱瑄的军队。朱瑄率军前来，结果中了埋伏，败逃回郓州城。
十月，朱温再派葛从周攻打兖州的朱瑾，他亲自在后面督率大军，随后包围兖州。。
此时担任齐州刺史的是朱琼（朱瑾的堂兄），他派使者前来请求投降，朱温接受他，并让朱琼的军队一起攻打兖州。
（这段时期，因河中节度使王重盈死后，王珙、王瑶与王珂三兄弟争夺河中节度使职位，大家各有后台支持，导致各镇矛盾升级。王行瑜、李茂贞、韩建三位节度使带兵进入长安，而李克用则率大军南下攻打王行瑜等三位节度使，导致朝政极乱。朝政对中原一带三位朱姓之间的战争也无力管辖。）