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十二月，支持唐僖宗的各路军队攻克凤州，满存担任凤州防御使。
此时，朝廷略占优势，枢密使杨复恭趁机向外传出檄文，召募能斩杀朱玫者，许诺将授予邠宁节度使一职作为奖赏，这其实就是悬赏令。
重赏之下必有勇夫。朱玫手下的大将王行瑜，因为与支持唐僖宗的军队交战时屡次失败，他担心被朱玫冶罪，并且又受到悬赏令的诱惑，就与手下的将士们商议，准备临阵倒戈，获得了将士们的支持。
王行瑜率五万兵从凤州突然回到京师长安，由于他带领的是主力，留在长安的朱玫能掌控的兵马并不多。
朱玫得知王行瑜从前线回来，很吃惊，他责问王行瑜：“你难道要谋反吗？”王行瑜说：“我是要诛杀谋反的人。”
王行瑜率军杀死朱玫的几百护卫兵，抓获了朱玫，并将他杀死。
经过此战，长安城再次遭到乱军劫掠，而皇帝李煴与宰相裴澈、郑昌图率领众官二百多人逃到河中投靠王重荣。
这王重荣也不是省油的灯，他见风使舵，派使者假意迎接他们，然后抓住“皇帝”李煴，将其杀死。
裴澈、郑昌图等官员手无缚鸡之力，只好任人宰割，王重荣囚禁了这些高官。
“皇帝”李煴的首级被送给唐僖宗，唐僖宗下令将这个死人废为庶人，李煴在长安做“皇帝”还不到一年。
朝廷兑现承诺，首先任命立功的王行瑜为静难军节度使（即邠宁节度使）。
禁军都将宋文通，因打叛军有功，被封为武定节度使，赐姓名为李茂贞，就是随皇帝的姓。
右卫大将军顾彦朗也因功被封为东川节度使。
杨守亮改任山南西道节度使，他的兄弟杨守宗也担任金商节度使。
秋后算账也来了，朝廷革除西川监军田令孜的官职爵位，把他长期流放到端州。但田令孜依附哥哥陈敬瑄，赖在成都，不去端州。
唐僖宗又下发诏令，把囚禁在岐山县的“伪宰相”萧遘、郑昌图、裴澈等当众处斩。其余接受李煴封赏的官员也很多，但在杜让能的保护下，大部分都免死了。
清除了长安的叛军，唐僖宗准备从兴元（汉中市）返回长安。887年三月，唐僖宗返回长安途中经过凤翔时，凤翔节度使李昌符担心唐僖宗回到长安追究他以前与朱玫攻打圣驾的罪行，于是以长安宫室还没修整完毕为由，请求唐僖宗在凤翔留住。李昌符这样做一方面是想拉近与唐僖宗的关系，一方面也想控制唐僖宗。
唐僖宗对这些地方藩镇的主帅也不敢轻易得罪，就同意暂留凤翔，但留下皇帝对凤翔节度使李昌符并不见得是好事。
到了这年夏天六月，就发生了一件不大不小的事。皇帝的侍卫将官、天威都头杨守立是枢密使杨复恭的养子，他仗势欺人，当有一次与李昌符在路上相遇时，两人都不主动让道，还引发随从军士的互殴。
这事惊动了唐僖宗，他派宦官前来劝解，竟然也无济于事，二人还是谁不服谁。
李昌符气不打一处来，他心想：“我在这里供你们吃喝，你一个侍卫官竟然不把我放在眼里，就是皇帝我也敢动。”
当天夜晚，李昌符带兵火烧唐僖宗在凤翔的行宫，攻打大安门。杨守立、李昌符的军队在宫外对战，但没想到的是，这个地头蛇却被被杨守立的禁军击败。
李昌符失败后，知道会引火烧身，皇帝肯定不会再信任他，于是他带领全家及几百军士逃往陇州（陕西陇县），凤翔这个老巢他也不要了。
唐僖宗这次没有善罢甘休，正好可借此机会整冶凤翔的军队，他命令武定节度使李茂贞率军到陇州讨伐李昌符。
陇州本来是李昌符管辖的区域，陇州刺史薛知筹接纳了他。当李茂贞率禁军前来时，李茂贞劝说刺史交出李昌符，刺史薛知筹知道自己只是一个棋子，根本不可能与朝廷抗衡，而李昌符也气数已尽，于是他就杀了李昌符全家，开城投降。
李茂贞在此次兵变中成为最大的赢家，他就此接管凤翔镇，唐僖宗加封李茂贞为凤翔和陇右节度使。估计此时谁也想不到的是，李茂贞日后翻起了更大的风浪。
而四川蜀地的战乱仍在继续。
杨守亮担任山南西道节度使以后，由于利州刺史王建很勇敢，杨守亮也忌惮他。王建曾经作为八都军的都头，后被田令孜收为养子，在神策军担任都将，是被杨复恭贬到利州（四川广元县）的。
但王建担心遭遇不测，不愿意去。有一个叫周庠的人对他说：“大唐将要结束了，藩镇之间相互吞并，你勇敢又有智谋，可以趁机建功立业。但利州战事多，难以安定。而阆州（阆中县）地处偏僻，百姓富足，可以立足。阆州刺史杨茂实是陈敬瑄、田令孜的心腹，不给朝廷缴纳税贡，你可以列举他的罪状，以此为名进行讨伐，就可大功告成。”
王建采纳了周痒的意见，邀请少数民族部落首领参与，共聚集八千人，沿着嘉陵江而下，袭击阆州。
阆州刺史杨茂实不堪一击，王建占领了阆州，自称阆州防御使。他还接纳四处逃亡的人，因此军队的势力逐步增强，山南西道节度使杨守亮难以控制他了。
东川节度使顾彦朗，与王建都曾经在神策军担任都将，当王建占据了阆州之后，顾彦朗也担心王建抢掠，就多次派人前往阆州赠送财物。王建也就没有进犯顾彦朗的东川地盘。
再说河中的护国军节度使王重荣，他带兵有方，但执行法度极其严格，为人残暴。
但他对朝廷的功劳很大，参与围剿黄巢，招降朱温，与宦官田令孜争斗，平定朱玫叛乱。
此人也反复无常，作为河中的主将，曾投降黄巢，但不久又背叛黄巢，复归唐朝廷。
王重荣的严厉引起了属下的反感，牙将常行儒曾经被王重荣处罚过，因此怀恨在心，当王重荣年事已高时，他就密谋发动叛乱。
当887年六月时，常行儒带领自己的军士趁夜间围攻王重荣的府第，王重荣没防备，常行儒抓获王重荣并将他杀死，自称河中留后。。
但王重荣家族还是有势力的，朝廷并没有承认常行儒，而是委任王重荣的哥哥、陕虢节度使王重盈接任护国节度使，又任命王重盈的儿子王珙暂任陕虢留后（冶所在河南陕县）。
王重盈接到诏令后，率领军队到达河中赴任，常行儒见势不妙赶紧逃走，但最终被抓获，王重盈把他杀死为弟弟王重荣报仇。