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BC3800－－2000年，在大洪水之后，宗教神灵的形象有了明显的变化，诸神被认为具有人的形象，更为重要的演变是，在苏美尔的宗教神话中，诸神组成的神灵世界开始组织起来，形成一个类似长老议事会(早期国家的最高统治机构)的天间结构，每一位神都在这个天国政府中取得了一定的官职和职能。实际上代表着BC3800年以后各邦国林立的局面。
两河流域对于自然力的崇拜，在苏美尔时期演变为各个城市国家的保护神。
苏美尔神谱
安努纳基（）：天地冥界诸神的总称
伊吉吉（）：天神的总称
1、强力神/至高神
纳穆（）：混沌女神，原始之海，由她生出“天地之山”和水神安启。
安基（Anki）：水神，天地之神，创造之神，后来分为安、基。
安（An）：苍天之神，天界之主、诸神之父。掌管天气，其职能是安排天体众星的位置来显示一年的历程和季节的变化。
不过，他没有“天命”的认可，对众神没有实际上的约束力，只是形式上的神王。当然，诸神在一般情况下还是会给与这位“苍天之神”足够的尊重，而安也乐于在“天界”安然度日，对自己的信徒没有过多要求，除了在少数时候给人类降福以外，只有到了极其危险的时刻才会出山。因此，很多苏美尔人都把他当成一个可有可无的神。（如同中国的玉皇大帝一样）
神殿在舒鲁帕克，是舒鲁帕克城的地方保护神。在洪水到来时曾经指导建设方舟。
基（Ki）：神殿在阿塔卜，大地女神，安的姐妹和配偶，又称宁图（）、宁玛（）和宁胡尔萨伽（）。她与很多男神都有联系，早期是安的姐妹和妻子；后来被自己的儿子彼勒－恩利勒占有，生下“军神”宁*努*尔*塔（）；后来又做了另一个儿子恩基的妻子。同时，她也被视为“医术之神”和“山之女王”。神的世界真不是我们懂的！
彼勒－－恩利勒（）：精神、空间之神，天地之间（人界）之神。与自己的母亲基结合之后，成为“大地和暴风之神”。
由于他拥有“天命牌”塔布雷特，三界诸神与人类都非常怕他（在苏美尔神话体系中，恩利勒的暴风是无敌的力量；而他只要佩带着塔布雷特，对他进行的任何攻击都是无效的，完全无敌），就在他的名字之前加上了“彼勒”二字（彼勒的意思就是“主”），当作实际上的“众神之王”和“大地之主”，就连他的祭司也具有非常显赫的地位。由于他对人类非常严厉，和另一位主神恩基总是矛盾重重，常常为了一些微不足道的原因制造人间灾难，显得喜怒无常。据说大洪水就是由恩利勒发动的。
恩利勒神殿在尼普尔，是尼普尔城的地方保护神。
恩基（Enki）：深渊之主，水、智慧和技艺之神，和安、恩利勒并列为三大主神。与恩利勒相比，恩基对人类比较宽厚，只要人类不打破“神永生不朽，人注定一死”的界限，都会尽量给人类帮助。每当恩利勒决定惩罚人类的时候，他总会和恩利勒周旋，并努力争取众神的支持和同情，以此取得对恩利勒的胜利。有一次，因为恩基的反对，恩利勒还被迫停止了“大洪水”，并赐予逃脱了大洪水的舒鲁帕克王子永生。不过据说是因为王子上交了大量贡品的缘故，所以神也就原谅了他擅自逃离洪水的罪过。晕哪！逃脱都不让！贿赂对神也有效。不过恩利勒要是发狠劲的话，明智的恩基也会考虑先退避一下。
恩基神殿在埃瑞都，位于两河入海的河口，是埃瑞都城的地方保护神。
南纳·苏恩（）：“天主”，是月亮和月份之神，恩利勒的长子，“太阳神”乌图、冥界之主埃蕾什基加勒、“大女神”埃安娜的父亲，拥有十分神秘的力量。
由于苏美尔人需要通过月亮的盈亏确定时间季节，通过月亮的位置确定星辰的方位，以便占卜吉凶祸福，因此而发展出对月神南纳的崇拜。不过他很低调，不喜欢显山露水，生平就像被层层云雾遮盖的月亮一样。
由于他的信徒众多，恩利勒觉得受到威胁，就残暴地毁灭他的城邦乌尔，“南纳信徒”也因此遭受了一场严重的信仰危机。之后，“南纳信仰”虽然有所恢复，但是这种力量再也不能令恩利勒感到丝毫威胁，虽然有一部分“南纳信徒”仍然相信月神的神秘力量凌驾于一切，但恩利勒的强大力量让他们不得不低调行事。
南纳神殿在乌尔，是乌尔城的地方保护神。
乌图（Utu）：巴比伦时期转变成沙玛什（），太阳神，是埃安娜之兄，月神南纳之子，正义之神和英雄的保护神。虽然他十分英勇，但是苏美尔人对月神的崇拜先于对太阳神的崇拜，他们没把太阳神看作是最高之神，也不把太阳神视为农业保护神，因而很少有太阳神的神话传说）。
乌图（沙玛什)神殿在西帕尔城，是西帕尔的地方保护神。
奈普神(Nabu)，保护植物生长繁荣的神。
奈普神殿在帕尔希帕城()，是帕尔希帕的地方保护神。
埃安娜（），又作宁安娜（），或伊什塔尔（，是金星的意思），天之女王，是月神南纳－苏恩之女，是植物之神图穆斯的妻子，被苏美尔人称为“大女神”，宇宙法典（me）的掌管者，司掌战争、自然、丰饶、繁衍和爱情，也是金星神，代表星辰。伊什塔尔的神像脚下踩着狮子，手中持有谷物。其影响最为长久，一直流传到罗马时期。埃安娜在迦南（腓尼基）称为阿纳特，在罗马被称为坎贝雷。