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次，左手顺时钟转三圈，表辟除。
次，右手逆时钟转三圈，表结界。
次，顺时钟绕身体转三圈，表拥护。
次，普巴杵在两手间左、右、左拋三度，代表明王坚固不动的金刚性与极度活跃的跳跃性。
最后，再左右转，一边转动，一边诵持普巴金刚咒。
修持普巴金刚法时，发动中脉、左、右两脉气机的钥匙是：首先，需把心静下来，身、口、意三业清净，如是方能开显此三脉的智能气，如是气也才能入脉。
然后，心中无念，随心意自然、舒适、安乐、随顺地转动普巴杵，慢慢地使心寂静下来，契入普巴金刚观想意境的觉受里。
然后再继续持诵，一边住心于斜上方的虚空中，也就是本人心中的空境，感觉虚空中有普巴金刚的种字或咒鬘；然后随着持诵真言，使心极度柔软、舒适地抒展开来，慢慢地空中的种字化现成普巴金刚，量等虚空。
然后再继续持诵，使整个人陶醉在本尊性德觉受里，然后接着左手持普巴杵右转三圈，观想本尊实施辟除；右手持普巴杵左转三圈，观想本尊实施结界；然后再顺时钟绕身三圈，观想本尊拥护行者。
最后，普巴杵在两手间左、右、左拋三度，代表明王坚固不动的的金刚性与极度活跃的跳跃性，也是智能火光的活跃性，疾速摧毁、降伏一切，让本人疾速地获得真正的智能。
此时本尊发出无量的智能光气，本人整个人也笼罩在本尊的三昧中。
如此几次修持后，本尊的感觉越来越清晰，乃至与本尊合为一体，契入“我即本尊，本尊即我”的境界。
接着再开始在心中观修普巴杵在脊椎里转动的修持法。
普巴杵在脊椎里转动，就像钻石油井般，如螺旋似地一直钻下去，当钻到石油时，石油就往上喷出来。
普巴杵就像钻石油井的钻子，延着脊椎一直钻下去，一直钻到尾闾的长强穴。
如此又像搅碎机般，把所有的轮脉都搅碎（轮脉是所有业力和能量的聚集所），当搅碎后，普巴杵前端中间尖尖的像吸管般，把所有业力全部吸出来，往上冲，化出去供养本尊。
此法就像真言宗的护摩修持，把业力供养本尊，本尊吃了以后，再由本尊的心火将之化成智能火光，再上供十方诸佛。
然而，业力如何供养呢？众生才有分别，诸佛早已证入空性，一切本来就是虚幻的，没有善、没有恶，也没有业力的分别。
所以，供养时经由本尊的火光，焚烧众生的业力，契入空性，成为空光一片，供养十方诸佛，供养自性。
如此业力供养的修持在佛法理念上是行得通的，是一种修气的方法。
不过行者应知，在普巴金刚法实修时，唯有如此理趣（修心）与修气（修身）两者相互呼应，才能契入如实的境界。
这有三点要注意，一是转动的普巴杵由梵穴心插入到尾闾时，身心不见只剩中脉或安住在普巴杵里面。
二是普巴金刚是高大身与我合为一体。
三是心轮位置观想有一个种字发光。
观想时三要点要合一，而且心气要流畅整个脊椎，随着普巴杵的转动，气旋转着向四面射出去，气的极致即是光明，光明中又有无数的普巴杵射向无尽的虚空中。
如此观想，若自身觉得有障碍时，可以再恢复到前面所学的基础观法，将普巴金刚现在己身面前修持，等到基础稳固、心气顺畅时，再将普巴金刚收回到自身上。
有时行者不可受一个观想法的局限，应视实际情况需要，应变调整选用上述合适的观想法来修持。
刚开始修持时，要先随意唱诵让身心宽松，当心气调顺后，再随心力所及观想安住，一直到身心安稳、轻安、清净自在。观想的重点是不要把本尊当作是如人体般，而要把他当成是由功德智能气所组成的光体。
修持普巴金刚法是本人从头到尾皆动，但心不可动，而是观想在气脉内。
当住心普巴杵在中脉内转动时，此时动中有静，脊椎会发热爆发出某种爆发力，此时静中有动。
此内心不动即是安住，安住即能住气，能住气才能聚气，如是才能收摄一切念头，令心长久安定在更深沉，更微细之处。
应知禅定与观想并不相冲突，因为住气摄心到极限时，会生起住而不住，无所住而生其心的境界。故安住在气里住而不住，连安住点也没有了，随着身心的松弛，气就会愈深沉。
此刻唯有完全投入、融入安住在本尊慈悲光气里，以其誓愿力、功德力加持的境界中，一直松开，一直放下思绪、烦恼、我执的情境中，一直到无所放，完全投入在无所住而生其心的境界中。
普巴金刚法修观完毕时的观想要点有两点，一是将全部普巴杵收摄回到身上每一毛细孔中。
二是观想自己成为普巴金刚。
普巴金刚秘传的修本心法，首先观想心轮中，由空性现一黑蓝色“吽”字，从“吽”字发出非常明亮之五彩智能光。
剎那间自身转化本尊，普巴金刚心化本尊之心。
普巴身现蓝色，具有三头、六臂、四足、双翅，每一头有三眼共九眼。
面涂三色，表三毒清净。
右头白色，表文殊菩萨之忿怒相－－大威德金刚，为诸佛身的代表。
左头红色，代表阿弥陀佛(或观音菩萨)之忿怒相－－马头明王，为诸佛语的代表。
中间黑蓝色，表大势至菩萨之忿怒相－－金刚手菩萨，为诸佛意的代表。
每头内各有四双獠牙突出、二牙向上、背后生出翅膀，好象非常锐利的剑身。
背后燃烧着代表智能的火焰。
右第一手持天铁制九股金刚杵。
铁质象征忿怒、九股表尽三界九乘一切众生。
右第二手持金制五股杵。
金的材质象征喜乐、五股表转五毒成五智。